La symétrie du bâtiment, les retables baroques, la frise sculptée ainsi que l'exposition sur l'histoire du lieu en font un site historique et culturel important de la ville.
Les Jésuites sont présents à Bourg-en-Bresse depuis 1612. Le collège est fondé en 1649 (obtention d’un brevet royal) grâce à la donation testamentaire de Louise de Monspey, baronne de Seyturier et de la Verjonnière (voir plaque sur la façade).
Le portail rappelle bien l’appartenance de la chapelle au XVIIe siècle : fronton curviligne, pilastres cannelés, entablement avec frise alternant triglyphes et métopes sculptées (martelées à la Révolution). Dans le fronton, monogramme des Jésuites : « IHS ». La façade est inachevée : pas de parement en pierre, faute d’argent et de temps.
Début des travaux en mars 1670 ; la pierre provient des carrières de Drom et de Jasseron. Fin des travaux en 1682.
La chapelle est placée sous le vocable de Saint-Joseph. Elle est construite sur un plan rectangulaire. La nef est bien éclairée, favorisant la prédication et la lecture des livres de messe. Une frise court sur tous les murs de la chapelle. De style dorique, elle alterne triglyphes et métopes sculptées rappelant le portail extérieur.
La tribune des musiciens (1682) fait face au chœur ; ses lignes courbes tranchent avec le plan rectiligne de l’architecture générale.
La chaire, où un illustre élève du collège, Jérôme LALANDE (1732-1807) y prêcha en son temps.
La table de communion ferme complètement le chœur : elle ne doit pas surprendre par son ampleur car les Jésuites prônaient le Saint-Sacrement. Balustres sculptés d’épis de blé et de grappes de raisin, symboles eucharistiques. Graffitis gravés dans le bois, certains très anciens (Roux 1780 / Buget 1790 / Paradis 1790).
Le chœur présente un maître-autel, relevé d’un retable en chêne et en noyer, occupant toute la hauteur de la chapelle. Il est recouvert d’un enduit grisâtre, apposé au XIXe siècle, qui a évité une restauration trop couteuse à l’époque et qui a permis la préservation des peintures et des dorures qui se trouvent toujours en dessous. Tableaux = la mort et la montée aux cieux de St-Joseph.
Autres retables : « La vision de la Storta » = Saint-Ignace de Loyola, fondateur de la Compagnie de Jésus, est désigné par Dieu pour être le serviteur de son fils sur terre.
Huile sur toile datée de 1681 et classée Monument historique en 1979
« Saint François-Xavier guérissant les pestiférés » = cette œuvre exalte les efforts des Pères jésuites, lors des épidémies de peste du XVIIe siècle, qui n’ont pas épargné Bourg-en-Bresse. Huile sur toile – Dernier quart du XVIIe siècle – Classée Monument historique en 1979
La sacristie est spacieuse et lumineuse ; elle est équipée d’un grand chasublier en noyer de la fin du XVIIe siècle.