En 1679, les habitants de Houtaud créent une fondation en vue d’enrayer une maladie qui décime leurs troupeaux. Une messe et des vêpres seront célébrées chaque année pour la fête de Saint-Antoine de Padoue afin de protéger les habitants. En 1703, aidés des sires de Bannans (gros propriétaires de la région), ils bâtissent une chapelle dédiée à Saint-Antoine. On dit que sur le tableau de la présentation,tableau de valeur, serait peint le visage de ses bienfaiteurs.
Sous la Convention, on ordonne la vente de la chapelle du village. Faute d’acheteurs ,elle ne sera pas vendue. Un testament d’Etienne Bourbon en juillet 1820 assure par une donation la célébration des messes chaque dimanche et le jour de la fête de Saint-Antoine.
Le 04 novembre 1844, ce lieu est déclaré Chapelle de secours par une ordonnance royale et reste attaché à la paroisse de Dommartin. Dans les années 1845-1850, il devient succursale : un aboutissement pour ses habitants. Le culte de Notre-Dame se greffe sur celui de Saint-Antoine Ermite en 1860. La fondation Bourbon se perd lors de la loi de la séparation de l'Eglise et de l’Etat en 1905, et la paroisse redevient une chapelle.
Les vitraux contemporains jaunes sont dus à Jean Olin.
Source : Les oratoires du Doubs, Paul Dieudé ; seigneurie de Houtaud, Dommartin, Vuillecin, Abbé Saillard