Collègue clunisien crée à la fin du XVe siècle par un bénédictin comtois Antoine Roche, prieur de Cluny, afin de recevoir et encadrer des religieux qui suivaient les leçons de l'université de Dole. La chapelle fut consacrée en 1520. L'édifice réalisé au début du XVIe siècle était un des plus beaux et des plus spacieux de la ville. Il s'agit de l'un des trois seuls collèges clunisiens de France.