Le site est habité dès l’apparition de l’Homme. Puis, à l’époque Gallo-Romaine, le village devient très fréquenté grâce à sa proximité avec le Rhône facilitant le commerce.
Grâce à la position stratégique du village (aux confins de la Savoie et du Dauphiné), le duc de Savoie possède dès le début du XIIe siècle la suzeraineté du château de Cordon.
En 1601 Brégnier devient français par le Traité de Lyon. Les seigneurs de Cordon dominent alors tout le Sud du Bugey.
Plusieurs découvertes sur la commune attestent de la présence des romains : une nécropole, une urne cinéraire en terre commune, un bracelet en bronze, des céramiques, des structures d’habitations de cette époque…
Les constructions typiques de la commune sont généralement en pierre, les toits recouverts de tuiles écailles à coyaux.
L’église de Brégnier a été construite à la fin du XIXe siècle sur l’emplacement de l’ancienne église. De style néogothique, elle possède un transept débordant avec au nord la chapelle Saint Jean-Baptiste et au sud la chapelle de la Sainte Vierge. Le clocher, sur lequel se trouve une horloge, est très pointu et se termine par une croix de pierre.
Le monument aux morts de Brégnier-Cordon représente un ange aux ailes déployées qui soutient un soldat ayant été blessé. Une stèle en souvenir des martyrs d’Izieu se trouve à l’embranchement de la route d’Izieu.
Le château de la Barre, construit au XIVe siècle, est désormais en ruine : il ne reste plus qu’un donjon carré.
Le château de Cordon est un ancien château fort datant du XIIè siècle, centre de la seigneurie de Cordon. Aujourd’hui complètement en ruine, ce château fut le chef lieu d’un des plus anciens mandements du Bugey. Les Comtes de Savoie s’en servirent de forteresse pour barrer la vallée du Rhône. Ils en confieront la garde à la maison de Cordon. Le château fut probablement détruit au XVIIe siècle.