Dominé par la Roche Bernard (massif du Risoux), le lac des Mortes est bordé de tourbières. Au nord du lac, le ruisseau des Mortes s’en échappe et se perd à quelques centaines de mètres sous terre. Sa résurgence se situe à la source de la Doye Gabet dans la vallée de la Bienne (Jura), après un parcours souterrain de 8 km.
Le lac des Mortes marque la frontière entre Doubs et Jura avec le lac de Bellefontaine. Des sentiers de randonnées pédestres et VTT permettent de le découvrir.
Lui ainsi que les tourbières de Chapelle-des-Bois constituent un complexe écologique de très grande valeur ; on y recense en effet une flore exceptionnelle (17 espèces protégées) et une faune remarquable pour la région.