Ce jardin a été conçu au XVIIe siècle lorsque les Bernardines se sont installées à Pontarlier. Le mur d’enceinte isolait les religieuses de la vie extérieure mais servait aussi à se protéger du froid et du vent.
Il y a sur place plus de 1100 espèces végétales de la flore locale et mondiale cultivées dans un jardin géométrique, un jardin à l'anglaise, un jardin alpin, une petite tourbière et un bassin.